Istotne w odpowiedzi na tak postawione pytanie jest ustalenie czy łączenie pomocy publicznej na projekty badawczo-rozwojowe z ulgą na działalność badawczo-rozwojową podlega regułom kumulacji. Zasady kumulacji odnoszą się jedynie do instrumentów stanowiących pomoc publiczną, zatem w pierwszej kolejności należy odpowiedzieć na pytanie czy ulga na działalność badawczo-rozwojową (ulga B+R) jest pomocą publiczną.
Ulga B+R przewidziana w art. 18d ustawy o CIT stanowi instrument skierowany do wszystkich podatników podatku dochodowego (analogiczny instrument przewidziano również w art. 26e ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych – dalej „ustawa PIT”). Instrument ten ma zatem charakter nieselektywny, mogą bowiem z niego skorzystać wszyscy zainteresowani przedsiębiorcy znajdujący się w analogicznej sytuacji, niezależnie od sektora, w którym prowadzą działalność gospodarczą, ich formy prawnej. W świetle powyższego ulga na działalność badawczo-rozwojową nie spełnia jednej z przesłanek (przesłanka selektywności) uznania jej za pomoc publiczną.
Zatem łączenie, w odniesieniu do tych samych kosztów kwalifikowalnych, wsparcia stanowiącego pomoc oraz niestanowiącego pomocy publicznej, z perspektywy unijnych przepisów pomocy publicznej, nie stanowi kumulacji, a tym samym zasadniczo nie jest przedmiotem regulacji ze strony tych przepisów.
Oznacza to, że nie ma przeciwskazań do jednoczesnego korzystania z pomocy publicznej na projekty badawczo-rozwojowe oraz z ulgi B+R odnoszącej się do tych samych kosztów kwalifikowanych. Pozostaje rozstrzygnięcie kwestii zasad korzystania z obu instrumentów.
W odniesieniu do rozpatrywanego przypadku należy zwrócić uwagę na przepis art. 18d ust. 5 i 5a ustawy CIT. Zgodnie z tymi przepisami koszty kwalifikowane (w rozumieniu art. 18d ustawy CIT) podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym. W rozpatrywanym przypadku, w którym przedsiębiorca skorzystał już z pomocy na projekty B+R, otrzymaną pomoc publiczną należy traktować jako koszty zwrócone podatnikowi. Zatem ulga B+R może być przyznana jedynie na różnicę pomiędzy kosztami kwalifikowanymi, a przyznaną pomocą publiczną na projekty B+R.